Ликвидацията е процес, който се инициира по решение на съдружниците или на едноличния собственик на капитала с цел преустановяване на стопанската дейност на дружеството, осребряване на дружественото имущество, довършване на текущите сделки, събиране на вземанията от трети лица и т. н., докато се стигне до разпределение на имуществото между съдружниците и заличаването на ООД (ЕООД) като субект на правото. Прекратяването с ликвидация се разделя условно на два етапа, всеки един от които се вписва в Търговския регистър и поражда отделни правни последици за дружеството. Етапите са "прекратяване" и "заличаване".

Правната последица от вписването на прекратяването на дружеството в Търговския регистър е преустановяване на дейността му съгласно установеното в дружествения договор (респективно учредителния акт). Целта на прекратяването е да се даде срок на кредиторите да предявят вземанията си и да се подготви окончателното заличаване на дружеството от Търговския регистър, като се приключат висящите отношения с трети лица и институции.

Заявяването на дружеството за прекратяване е резултат от волята на съдружниците, респективно на волята на едноличния собственик на капитала при ЕООД. Заявяването за вписване на прекратяването е задължение на ликвидатора, когото съдружниците избират заедно с решението за обявяване на дружеството в ликвидация и който от момента на вписването на прекратяването представлява дружеството пред трети лица вместо управителя (обикновено управителят е и ликвидатор на дружеството, доколкото не е уговорено друго).

От момента на вписване на прекратяването на дружеството в Търговския регистър, след изписване на фирмата на дружеството се добавя "в ликвидация" (чл. 9 от ТЗ). Последица от обявяването на дружеството в ликвидация е преустановяване на дейността на изпълнителните му органи. Дружеството вече се управлява от ликвидаторите.

Считано от момента на вписване на прекратяването, дружеството преустановява дейността си, но съгласно чл. 158 от ЗКПО за периода до заличаването то продължава да изпълнява задълженията си като действащо предприятие съгласно счетоводното законодателство за подаване на финансови отчети и т. н. Дружеството може да извършва дейност, но само когато тя е свързана с довършване на стари поръчки, изпълнение на сключени преди ликвидацията договори и т. н. Ликвидаторите могат да сключват и нови сделки, но само когато те обслужват ликвидационното производство и се извършват с цел постигане на ликвидационните цели (чл. 268, ал. 1 от ТЗ). В случай, че дружеството осъществява някаква стопанска дейност през периода на ликвидацията, се води отделна текуща отчетност по формата за действащи предприятия. В края на всеки отчетен период (година), ако производството по ликвидация не е приключило, дружеството има задължението да състави и подаде годишен финансов отчет. На този етап дружеството продължава да бъде субект на правото, макар и съществуването му да е подчинено на финализиране отношенията с трети лица и разпределяне на имуществото.

В закона не е определен максимален срок за ликвидация. От тълкуването на разпоредбата на чл. 272, ал. 1 от ТЗ може да се направи извод, че минималният срок е 6 месеца. Той започва да тече от деня на обявяване в Търговския регистър на поканата до кредиторите да предявят вземанията си към дружеството. Срокът следва да бъде съобразен с ликвидационните цели, с наличието на задължения от страна на дружеството към кредитори и т. н. Срокът подлежи на вписване в Търговския регистър чл. 48 и сл. от Наредба за водене, съхраняване и достъп до Търговския регистър).

Към заличаване на дружеството се преминава, след като е изтекъл срокът за предявяване на вземанията до кредиторите, когато са уредени отношенията на дружеството с трети лица и институции и е разпределено имуществото между съдружниците, платени са данъците, уредени са отношенията на дружеството с НОИ, НАП и т. н. Когато се изпълнени изискванията на чл. 273 от ТЗ, ликвидаторът подава заявление до Търговския регистър за заличаване на дружеството. Към заявлението се подават балансът към датата на приключване на ликвидацията, пояснителният доклад към баланса и годишният отчет на ликвидатора; декларация от ликвидатора за обстоятелствата по чл. 273, ал. 1 от Търговския закон; протоколът за приемане на баланса, на пояснителния доклад към баланса, на годишния отчет на ликвидатора, за освобождаване на ликвидатор от отговорност и за разпределение на имуществото на дружеството, удостоверението за предаване на разплащателните ведомости, издадено от териториалното поделение на Националния осигурителен институт, съгласно чл. 5, ал. 10 от Кодекса за социално осигуряване (чл. 21, ал. 3, т. 10 от Наредба за водене, съхраняване и достъп до Търговския регистър). На датата, на която се подават в Търговския регистър документите за вписване на заличаването на дружеството, следва да се подаде в НАП и данъчната декларация на дружеството за последния данъчен период (чл. 162 от ЗКПО).

Последният данъчен период на данъчно задължено лице, прекратено с ликвидация, обхваща времето от 1 януари на годината, в която е подадено искането за заличаване, до датата на подаването му (чл. 161, ал. 1 от ЗКПО). Данъчно задължено лице се облага с корпоративен данък за данъчната печалба, реализирана през последния данъчен период по общия ред на закона (чл. 161, ал. 5 от ЗКПО). Дължимият корпоративен данък за последния данъчен период се внася до датата на подаване на искането за заличаване и е окончателен (чл. 163, ал. 1 от ЗКПО). За целта се съставя Краен ликвидационен баланс, в който се посочва имуществото, останало след удовлетворение на кредиторите и се отразява разпределението на ликвидационните дялове.

След вписване на заличаване на дружеството, същото престава да бъде субект на правото и респективно данъчно задължено лице. Както вече се посочи, под прекратяване се разбира прекратяване на извършване на дейност от страна на дружеството, освен ако не е свързана с ликвидационни цели, а заличаването окончателно води до загубата на правоспособността на дружеството.

След заличаването на дружеството търговските му книги се съхраняват на основание чл. 42 от Закона за счетоводството за срок от 10 години от заличаването.